袁崇煥假托密旨，殺東江鎮(zhèn)總兵官毛文龍一事。既是他被崇禎處死的罪狀之一，也是其身上最大的黑點。那么明知自己行為嚴重擅權(quán)（事后他“席藁待罪”）的袁崇煥，為何又不顧一切的去做呢？
和不少朋友認為的不一樣，袁崇煥并不是腦子發(fā)熱后一意孤行，朝廷和崇禎對毛文龍之死其實早有心理準備。
天啟七年四月，朝鮮方面向明廷報告了一個消息。有人看見五名滿人護送一名大明使者，從蛇島出發(fā)前往義州方向。五月份東江鎮(zhèn)傳出消息俘獲金奸細五名，但縛送京師時只有四人，一名通事（翻譯）被毛文龍下令處斬了。
朝中一時議論紛紛，不過并沒有起什么大波瀾，但到了崇禎元年七月十四日這事兒又被皇帝重提。在這次著名的平臺召對中，崇禎除了許袁崇煥“封侯之賞”（如能五年平遼），還要求兵部調(diào)查毛文龍，“文龍獻俘似或非實，前者冒餉亦多該部詳查以聞”。
十天后，袁崇煥和閣臣錢龍錫入覲并匯報督師遼東的準備。崇禎再次提到了調(diào)查毛文龍，并賜袁崇煥尚方寶劍。就算崇禎沒有把處置毛文龍之權(quán)下放給袁崇煥的意思，起碼也能看出崇禎非常不信任毛文龍，為什么呢？
因為毛文龍是“閹黨”。
毛文龍起于遼東巡撫王化貞的提拔，為報答知遇之恩，毛文龍終身未背叛或離棄王化貞。而王化貞因廣寧慘敗下獄后，為求一線生機投靠了魏忠賢，所以毛文龍也一并被打上了閹黨的標簽。
東江設鎮(zhèn)之后，毛文龍并不愿意讓地方（登萊）官員管轄東江鎮(zhèn)并分潤其軍功，所以他選擇投靠宦官，多次主動要求派遣宦官監(jiān)軍，也多次主動上奏為宦官邀功。
到天啟朝，明廷的財政已嚴重入不敷出。為了滿足遼東的軍事需求，明廷只得拆東墻補西墻，通過縮減其它軍鎮(zhèn)以補遼東不足。至天啟七年，明廷已累計拖欠九邊軍餉九百六十多萬兩。
所以為了多得軍餉，毛文龍也走起了上層路線，主動討好并以軍功獻媚于魏忠賢。跟魏忠賢搭上關(guān)系后，借著閹黨的照拂，毛文龍又干起來了另一件非常危險的事 – 經(jīng)商。
宋明兩朝為壓制武將，不給他們割據(jù)造反的機會。除了各種打壓武將地位、拆解武將對軍隊的控制和指揮權(quán)之外，還不允許武將擁有地方財權(quán)，以便從錢糧上控制地方將帥和軍隊。毛文龍則“貸之朝鮮，通之商賈”，在東江鎮(zhèn)組建了一個海上國際貿(mào)易網(wǎng)絡。
不論毛文龍在此期間有沒有和后金貿(mào)易、互通有無，其“自己動手，以足軍需”這個行為本身對于明廷就已經(jīng)是威脅了。
閹黨不說，還手握兵權(quán)和財源，崇禎怎么可能會信任他？所以崇禎要求調(diào)查毛文龍的目的就很清晰了，至少是要讓毛下崗走人（袁能成為薊遼督師，主因是他的前任王之臣是閹黨必須走人）。
不清楚毛文龍是否明白朝廷以及皇帝的心態(tài)，他的反應對于一個武將而言是致命的。
總兵官毛文龍復請釋舊撫王化貞，極言化貞為遼人所執(zhí)心，西虜亦樂于助順。稱引哥舒翰事，愿將海外歷受官階一一歸還朝廷，以贖化貞之死 … 信賞必罰系朝廷操柄，毛文龍即使有功豈得代人贖罪 … 乃為失陷封疆之人求宥，藐視朝廷，是何法紀？念海外孤軍姑不究
《明熹宗實錄·卷八十八》
為了報答恩主王化貞，毛文龍在天啟七年二月奏請以己功贖王化貞死罪。實權(quán)邊將欲涉朝廷事，這一下就引起天啟和朝臣的不滿和猜忌。兵部尚書王永光等臣遂提出令毛文龍移鎮(zhèn)近處，以便于朝廷督管（從皮島移至旅順或蓋州）。
此時任遼東巡撫的袁崇煥也想合并東江鎮(zhèn)的軍力，遂派麾下二將趙佑、徐敷奏，至東江鎮(zhèn)與毛文龍商議移鎮(zhèn)事宜。結(jié)果趙佑被毛文龍以“招誘軍民”為由斬于石城島，徐敷奏逃回寧遠。
毛文龍接著以旅順參將李鑛（隸屬東江鎮(zhèn)）投奔袁崇煥狀告于朝廷，并要求將李鑛和徐敷奏處斬，得到朝廷許可。（徐敷奏由于袁崇煥的活動后被赦免，皮島斬殺毛文龍時，徐敷奏在一旁負責監(jiān)刑）
雖然毛文龍在閹黨的幫助下，在這次移鎮(zhèn)風波中占了上風。但他卻和朝廷結(jié)下了梁子，更重要的是也讓明廷以及袁崇煥就此認為他是個難以合作和控制的悍將，這也為袁崇煥日后行激烈手段埋下伏筆。
崇禎元年正月，在清理朝中閹黨的過程中，工科右給事中潘士聞、御史范汝梓等彈劾毛文龍吃空餉，崇禎命兵部勘合東江兵額并籌備移鎮(zhèn)。此后由于兵部人員大調(diào)整，移鎮(zhèn)之事被暫停，但崇禎明確要求毛文龍應受登萊巡撫節(jié)制，并核實東江兵馬數(shù)額。
四月戶部員外郎黃中色抵皮島開始核兵，六月上報東江在冊62000人，實有兵員36000余人。毛文龍辯稱漏了周邊島嶼的兵丁，“各島兵丁精壯者合計實有十五萬”。七月登州海防道王廷試二次勘合，上報實有兵員42000人，剔除老弱病殘為28000人。
這一下就讓朝廷、崇禎對毛文龍印象更差，移鎮(zhèn)并讓其下崗已成必然。但毛文龍不愿意效仿當年的戚繼光，老實交權(quán)卸任。而是各種上奏自辯，這讓崇禎愈發(fā)厭惡他。因此在任命袁崇煥為薊遼督師后，就要求兵部和袁崇煥盡快處理毛文龍。
此時已察覺到形勢不對的毛文龍，卻選擇了更為激進的方式來應對。
崇禎元年八月，因不滿登萊巡撫孫國楨以28000兵額派餉，毛文龍率兵至登州夏家瞳上岸并砸了彈劾他的山東總兵楊國棟家的功德碑。對于此事毛文龍自辯為，率軍出海（截殺后金）被大風吹到該地。
朝中無人相信大風一說，基本都認為毛文龍在故意示威，所以朝廷輿論也更偏重于盡快處置東江鎮(zhèn)和毛文龍。
崇禎二年己巳春，毛文龍擁舟師掩至登萊，旌旗蔽海上，登人以為建兵至，皆大驚。文龍艤舟天妃廟，焚香而去，廷論益沸騰。
《山中見聞錄·卷五》
為迫使毛文龍移鎮(zhèn)交權(quán)，袁崇煥在崇禎二年初，出臺禁海改道令，以掐斷東江鎮(zhèn)的財源。這釜底抽薪讓毛文龍極其憤怒，不僅上疏力陳不可禁海改道，還于崇禎二年四月，率戰(zhàn)船四十艘至登州并上岸炫耀武力。
無論毛文龍個人目的是什么，他在朝廷和皇帝眼里已經(jīng)成為了必須以雷霆手段處理的不穩(wěn)定因素。
輔臣錢龍錫為此一事低回過臣寓私商。臣曰：入其軍，斬其帥，如古人作手，臣饒為也 ... 自去年十二月，臣安排已定，文龍有死無生矣。為文龍者，束身歸命於朝庭，一聽臣之節(jié)制，其能為今是昨非，則有生無死。無奈文龍毒之所積，殞及闕躬。
《薊遼督師袁崇煥題本》
這也是袁崇煥跟錢龍錫商討毛文龍之事時說，“入其軍，斬其帥，如古人作手”的原因。袁崇煥并不傻、也不軸，他明顯能感覺到朝廷和皇帝處死毛文龍之意已決。
六月初一，袁崇煥至雙島與毛文龍最后一次談判，毛文龍依然不愿意移鎮(zhèn)交權(quán)。對于此時的袁崇煥來說，朝廷有殺毛之意，皇帝已授他便宜行事之權(quán)，他也給了毛最后的機會。作為封疆需臨機應變、當斷則斷，故斬之。
事后朝廷和崇禎的反應一如袁崇煥預料，對于袁崇煥的請罪疏崇禎批復，“毛文龍懸踞海上，糜餉冒功，朝命頻違，節(jié)制不受。近復提兵進登，索餉要挾，跋扈叵測。且通夷有跡，犄角無資，掣肘兼礙。卿能周慮猝圖，聲罪正法。事關(guān)封疆安危，閫外原不中制，不必引罪”。
只是袁崇煥考慮的還是比崇禎少了一層。崇禎的“不必引罪”只是表示毛文龍有取死之道，并不是寬釋袁的不請而殺。崇禎此時只是盯著“五年平遼”，干好了就既往不咎，干壞了再舊賬重提。
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