1864年，在陜甘回變的影響之下，新疆各地豪強(qiáng)割據(jù)，紛爭(zhēng)四起，大規(guī)?；孛衿鹆x不斷。在這場(chǎng)混戰(zhàn)中，烏茲別克人阿古柏最為突出。他率領(lǐng)烏茲別克人一舉占據(jù)了北疆和南疆，建立了洪福汗國(guó)。然而，這只是問(wèn)題的一部分。英國(guó)和沙俄的介入更是加劇了新疆的混亂。他們承認(rèn)了阿古柏政權(quán)的合法性，甚至贈(zèng)送了大批軍火。與此同時(shí)，沙俄趁亂侵占了伊犁，這一舉動(dòng)引起了清朝廷的嚴(yán)重關(guān)注。

眼看著166萬(wàn)平方公里的土地即將從清朝庭的版圖上消失，經(jīng)過(guò)激烈的爭(zhēng)論，朝廷終于下詔書(shū)，任命左宗棠為欽差大臣，負(fù)責(zé)督辦新疆軍務(wù)，并擁有指揮三軍的權(quán)力，以便在適當(dāng)時(shí)機(jī)平定新疆的叛亂。早在1872年開(kāi)始，左宗棠就已經(jīng)在部署收復(fù)新疆的戰(zhàn)略了——緩進(jìn)速?zèng)Q。即用一年多時(shí)間準(zhǔn)備物資，然后速戰(zhàn)速?zèng)Q?；I措軍餉，囤積糧草，整頓軍隊(duì)，在蘭州建立了“蘭州制造局”，制造槍炮。所有的計(jì)劃都是為了一招制敵，這些需要他一一落實(shí)。

朝廷的撥款有限，為了籌措軍餉，他想盡一切辦法，不僅向當(dāng)時(shí)的富商胡雪巖借錢(qián)，還三次向洋商籌借洋款。俗話(huà)說(shuō)，兵馬未動(dòng)，糧草先行。糧草方面，左宗棠命令先鋒部隊(duì)駐軍哈密，修整灌溉的水渠囤積戰(zhàn)爭(zhēng)用的糧食。

這次作戰(zhàn)軍隊(duì)從南方長(zhǎng)途跋涉到西北作戰(zhàn)，路途遙遠(yuǎn)，條件艱苦，必須挑選精兵良將。為了應(yīng)對(duì)阿古柏的洋槍洋炮，左宗棠請(qǐng)來(lái)了熟練工匠，大量制造先進(jìn)的武器，為打勝仗準(zhǔn)備。所有的這一切，左宗棠都做了周密的部署。由此可見(jiàn)，他對(duì)朝廷的忠誠(chéng)。

1876年，時(shí)年六十三歲高齡的左宗棠在肅州召開(kāi)誓師大會(huì)，統(tǒng)帥六萬(wàn)將士，浩浩蕩蕩揮師北上，誓死收復(fù)新疆。此時(shí)的左宗棠已經(jīng)做好了充分的準(zhǔn)備，他知道前方將是一場(chǎng)艱苦的戰(zhàn)斗，但他堅(jiān)信只要他們團(tuán)結(jié)一致，必定能夠戰(zhàn)勝一切困難，收復(fù)失地。

左宗棠坐鎮(zhèn)肅州，統(tǒng)籌全局，命令劉錦棠、金順帶領(lǐng)軍隊(duì)兵分兩路，一前一后后出關(guān)。劉錦棠走北路，金順走南路，然后到哈密會(huì)合。面對(duì)來(lái)勢(shì)勇猛的清軍，阿古柏的叛軍被打得落花流水，四處逃竄。至此，北疆收復(fù)。這僅僅是開(kāi)始，隨即，軍隊(duì)揮師轉(zhuǎn)戰(zhàn)南疆，開(kāi)始了更為艱難的征程。

吐魯番、托克遜，以及達(dá)坂城是南疆要地，阿古柏等叛軍在關(guān)鍵要地布置了大量的火力，試圖憑借天山險(xiǎn)要阻止湘軍南下的步伐。左宗棠也非常清楚，拿下這三城，南疆就掌握在手了。于是他布置了三路進(jìn)軍的計(jì)劃，金順留守烏城，劉錦棠為前線(xiàn)總指揮。

1877年4月，劉錦棠率領(lǐng)的軍隊(duì)成功地收復(fù)了達(dá)坂城，而徐占彪和張耀的軍隊(duì)也在鹽池會(huì)師。三支軍隊(duì)聯(lián)合起來(lái)，形成了一股強(qiáng)大的力量，收復(fù)吐魯番。這標(biāo)志著南疆門(mén)戶(hù)大開(kāi)，阿古柏自知大勢(shì)已去，無(wú)力挽回，于是服毒自殺。他的兒子伯克胡里帶著剩余的殘兵敗將一舉逃到俄國(guó)境內(nèi)。

在接下來(lái)的時(shí)間里，左宗棠率領(lǐng)的湘軍已先后攻克庫(kù)爾勒、庫(kù)車(chē)、阿克蘇、烏什、喀什噶爾、葉爾羌及和闐等地，新疆大部分領(lǐng)土逐漸回歸祖國(guó)。至此，歷時(shí)一年半時(shí)間，左宗棠率領(lǐng)湘軍將士除伊犁之外，收復(fù)新疆之戰(zhàn)圓滿(mǎn)完成。