來源:丁香科研

當(dāng)你以為公開數(shù)據(jù)庫都是外國創(chuàng)建時,這些國家級數(shù)據(jù)庫帶你領(lǐng)略不一樣的科研中國、數(shù)據(jù)中國。

了解中國醫(yī)療現(xiàn)狀,其實我們還能從以下這些數(shù)據(jù)庫中獲取信息,接下來筆者就給大家分享幾個國內(nèi)的數(shù)據(jù)庫。

NO.1 國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心

(網(wǎng)址:https://ngdc.cncb.ac.cn/?lang = zh)

國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心(National Genomics Data Center,簡稱 NGDC)已發(fā)布了15 大數(shù)據(jù)資源體系、40 個數(shù)據(jù)庫。

涵蓋生物項目數(shù)據(jù)、生物樣本數(shù)據(jù)、組學(xué)原始數(shù)據(jù)、基因組序列、基因組變異數(shù)據(jù)、生物信息工具等,形成了重要的國際影響力。

2020 年,NGDC 開發(fā)了 8 個全新數(shù)據(jù)庫(2019nCoVR,Aging Atlas,BrainBase,CGIR,GTDB,LncExpDB,scMethBank 和 TransCirc)。

更新和豐富了多個核心數(shù)據(jù)庫資源(BioProject,BioSample,GSA,GWH,GVM,GEN 和生物多樣性資源等)。

涉及疾病、衰老、調(diào)控和生物多樣性等多個前沿領(lǐng)域,初步形成我國生物數(shù)據(jù)安全匯交管理和多組學(xué)數(shù)據(jù)平臺的國家中心數(shù)據(jù)資源體系。

其中,「2019 新型冠狀病毒信息庫」是目前全球收錄信息最全和訪問最多的新冠病毒序列信息庫之一,它始終保持全球最新、最完整的新冠病毒基因組數(shù)據(jù)發(fā)布動態(tài)。

GVM(Genome Variation Map)是國內(nèi)規(guī)模最大的多物種基因組序列變異庫。

NGDC 免費向國內(nèi)外用戶提供方便快捷的多組學(xué)數(shù)據(jù)匯交和存儲服務(wù)。

截至 2020 年 12 月,已匯交來自 343 個單位 1206 個用戶遞交的超過 6PB 的組學(xué)數(shù)據(jù),相關(guān)數(shù)據(jù)發(fā)表于 203 種國內(nèi)外期刊的 466 篇文章。

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圖片來源:國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

NO.2 國家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心

(網(wǎng)址:https://nmdc.cn/)

國家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心(National Microbiology Data Center ,NMDC)數(shù)據(jù)記錄數(shù)超過 40 億條。

數(shù)據(jù)內(nèi)容完整覆蓋微生物資源、微生物及交叉技術(shù)方法、研究過程及工程、微生物組學(xué)、微生物技術(shù)以及微生物文獻、專利、專家、成果等微生物研究的全生命周期,承擔(dān)微生物領(lǐng)域科學(xué)數(shù)據(jù)匯交管理、共享與服務(wù)工作。

NMDC 具有以下特點:

①國家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心發(fā)布的數(shù)據(jù)編號,可在國際期刊直接使用。

②支撐中國科學(xué)家發(fā)表文章時的數(shù)據(jù)存儲、共享。

③支持微生物樣本、核酸序列、微生物基因組、微生物元基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、期刊附件等多種類型數(shù)據(jù)提交。

④支持國家重點研發(fā)計劃、科技資源調(diào)查專項、國際合作專項等項目數(shù)據(jù)匯交。

⑤數(shù)據(jù)當(dāng)日提交三個工作日內(nèi)完成審核并發(fā)放編號。

⑥為每條數(shù)據(jù)提供唯一標識符。

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圖片來源:國家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

NO.3 國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心

(網(wǎng)址:https://www.ncmi.cn/)

國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心(National Population Health Data Center, NPHDC),構(gòu)建包含數(shù)據(jù)注冊服務(wù)、匯交服務(wù)、長期保存服務(wù)、定制化服務(wù)、數(shù)據(jù)接口服務(wù)、專題服務(wù)、科普服務(wù)、應(yīng)用示范等多維度的國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)服務(wù)體系。

建庫至今,NPHDC 已收錄 1179 個項目、1.4 萬多個數(shù)據(jù)集,推出「青少年健康主題數(shù)據(jù)庫」、「全人類心理健康科學(xué)數(shù)據(jù)庫」、「中國圍產(chǎn)期母嬰健康監(jiān)護與 AI 風(fēng)險預(yù)警科學(xué)數(shù)據(jù)庫」、「中國流動人口衛(wèi)生計生動態(tài)監(jiān)測健康數(shù)據(jù) (2009-2017 年)」、「典型地區(qū)行為活動模式數(shù)據(jù)庫」、「前列腺腫瘤預(yù)警數(shù)據(jù)集」、「糖尿病并發(fā)癥預(yù)警數(shù)據(jù)集」、「2001-2020 年中國衛(wèi)生健康事業(yè)發(fā)展統(tǒng)計數(shù)據(jù)」8 大特色資源。

提供「中國人成骨不全癥變異數(shù)據(jù)庫」、「老年醫(yī)學(xué)專題服務(wù)」、「氣象環(huán)境與健康專題服務(wù)」、「國民體質(zhì)與健康數(shù)據(jù)庫」、「熱點傳染病預(yù)警與追蹤」、「衛(wèi)生決策專題服務(wù)」、「腦卒中防治工程管理專項數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)」等 13 個主題數(shù)據(jù)服務(wù),并配套 Tableau、R 等多個數(shù)據(jù)配套工具服務(wù)。

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圖片來源:國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

NO.4 國家基礎(chǔ)學(xué)科公共科學(xué)數(shù)據(jù)中心

(網(wǎng)址:https://www.nbsdc.cn/)

國家基礎(chǔ)學(xué)科公共科學(xué)數(shù)據(jù)中心(National Basic Science Data Center, NBSDC)數(shù)據(jù)資源覆蓋 17 類一級學(xué)科、八大基礎(chǔ)學(xué)科、三大區(qū)域和部分基礎(chǔ)前沿領(lǐng)域。

以領(lǐng)域科學(xué)數(shù)據(jù)家實驗室自主采集或野外觀測為主,以及基于自產(chǎn)數(shù)據(jù)和公開數(shù)據(jù)融合加工的增值產(chǎn)品,已經(jīng)系統(tǒng)整合形成了 23 個主題庫和專題庫。

在線服務(wù)數(shù)據(jù)總量 2.29 PB,數(shù)據(jù)記錄近 10 億條,形成完善的標準體系、技術(shù)體系和軟件棧,服務(wù)體系全面覆蓋「數(shù)據(jù)服務(wù)-信息服務(wù)-知識服務(wù)」。

除數(shù)據(jù)庫在線查詢服務(wù)外,平臺也針對用戶對科學(xué)數(shù)據(jù)進行加工、處理、計算、分析等需求,提供了基于科學(xué)數(shù)據(jù)的在線分析平臺、特種數(shù)據(jù)離線數(shù)據(jù)處理工具,提供深度服務(wù)。

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圖片來源:國家基礎(chǔ)學(xué)科公共科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

說了這么多,家人們迫不及待想知道怎么獲取這些數(shù)據(jù)了吧!每個數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)獲取的方式大同小異,均以「在線提交數(shù)據(jù)申請」方式以獲得官方審批并發(fā)送數(shù)據(jù)下載鏈接。

接下來筆者以「國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心」為例,來為大家提供 get 免費數(shù)據(jù)的方式……

Step 1:數(shù)據(jù)庫提供三種在線網(wǎng)絡(luò)提交申請和注冊的方式,分別是:個人賬號注冊、機構(gòu)賬號注冊、合作機構(gòu)賬號注冊。

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圖片來源:國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

Step 2:根據(jù)實際情況,任選一種注冊途徑。個人賬號提供郵箱和手機注冊方式,普通用戶可在系統(tǒng)上瀏覽、查詢和下載數(shù)據(jù),以及進行個人數(shù)據(jù)匯交。

機構(gòu)賬號面向機構(gòu)用戶進行數(shù)據(jù)注冊、匯交、管理和機構(gòu)標識符申請,掛靠機構(gòu)的注冊用戶可在系統(tǒng)上進行機構(gòu)數(shù)據(jù)匯交和項目數(shù)據(jù)匯交。

合作機構(gòu)賬號支持數(shù)據(jù)加工員賬號和數(shù)據(jù)審核員賬號的創(chuàng)建、編輯和管理,以及支持合作機構(gòu)數(shù)據(jù)匯交、審核和管理等功能,但僅限與國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心建立合作關(guān)系的機構(gòu)申請。

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個人賬號—郵箱注冊

圖片來源:國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

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個人賬號—手機注冊

圖片來源:國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

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機構(gòu)賬號

圖片來源:國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

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合作機構(gòu)賬號

圖片來源:國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

Step 3:注冊成功后登錄賬號

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圖片來源:國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

Step 4:以選擇「特色資源」中「中國圍產(chǎn)期母嬰健康監(jiān)護與 AI 風(fēng)險預(yù)警主題科學(xué)數(shù)據(jù)庫」為例,可在數(shù)據(jù)庫詳情頁中了解基本信息、描述信息、創(chuàng)建者信息、聯(lián)系信息、引用格式、服務(wù)信息、數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)信息等。

其中,服務(wù)信息中,會明確說明數(shù)據(jù)公開時間、實體數(shù)據(jù)共享方式、數(shù)據(jù)使用許可、收費方式、申請流程等。

類似地,「中國圍產(chǎn)期母嬰健康監(jiān)護與 AI 風(fēng)險預(yù)警主題科學(xué)數(shù)據(jù)庫」屬于公開,公益免費、商業(yè)收費數(shù)據(jù)庫,數(shù)據(jù)以 xlsx、png 形式儲存,詳情頁底部即是實體數(shù)據(jù)申請訪問入口,并提供數(shù)據(jù)引用參考規(guī)范及致謝方式。

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圖片來源:國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心官網(wǎng)

四款國家科學(xué)數(shù)據(jù)中心,有你感興趣的嗎?如果是你的科研領(lǐng)域,戳戳手指去了解一波吧。

我們長期為科研用戶提供前沿資訊、實驗方法、選品推薦等服務(wù),并且組建了 70 多個不同領(lǐng)域的專業(yè)交流群,覆蓋PCR、細胞實驗、蛋白研究、神經(jīng)科學(xué)、腫瘤免疫、基因編輯、外泌體、類器官等領(lǐng)域,定期分享實驗干貨、文獻解讀等活動。

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