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在生信分析中，我們有個(gè)口訣，“表達(dá)有差異，差異影響表型”，用來(lái)判斷基因差異表達(dá)和與預(yù)后（生存參數(shù)）的關(guān)系。通常，基于公共數(shù)據(jù)分析，表達(dá)有差異，預(yù)后好或預(yù)后差的基因，我們都可以做，因?yàn)橐呀?jīng)有很多文章，尤其是高表達(dá)預(yù)后差的基因。當(dāng)然，的基因，的基因也可以做，都有文章發(fā)表。

另外，①腫瘤中表達(dá)沒(méi)差異，預(yù)后沒(méi)差異的基因，我們大概率不會(huì)做成生信課題。但比較棘手的是，②腫瘤中高表達(dá)，但患者預(yù)后沒(méi)差異的基因，應(yīng)該怎么辦？以及③腫瘤中表達(dá)無(wú)明顯變化，預(yù)后有差異，又該怎么辦？

這次，我們主要回答果友關(guān)于“腫瘤中高表達(dá)但是預(yù)后沒(méi)有顯著性的基因”，應(yīng)該怎么辦？

2023年9月，Am J Cancer Res期刊上發(fā)表一篇題為High Mesothelin expression in pancreatic adenocarcinoma is associated with aggressive tumor features but not prognosis的研究論文，展示了高表達(dá)但預(yù)后沒(méi)差異基因發(fā)文章的一種策略：那就是撇開(kāi)臨床表型（生存參數(shù)），關(guān)注細(xì)胞表型（增殖、耐藥等）！ 2020年前后，純生信文章套路就是這樣。沒(méi)有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的結(jié)果，確實(shí)有待商榷，但這是時(shí)代的漏洞和局限，并不是造假。這篇文章的思路和策略，值得借鑒！

腫瘤中高表達(dá)，預(yù)后沒(méi)差異。

Mesothelin 高表達(dá)與高增殖表型相關(guān)。

Mesothelin 高表達(dá)與免疫抑制相關(guān)。

Mesothelin 高表達(dá)與化療敏感性增強(qiáng)相關(guān)。上述數(shù)據(jù)分析都是基于芯片數(shù)據(jù)或者二代測(cè)序數(shù)據(jù)展開(kāi)的，也沒(méi)有濕實(shí)驗(yàn)加持，有明顯的局限性。但是，這篇論文為高表達(dá)預(yù)后沒(méi)差異的基因找到了出口，那就是做細(xì)胞表型。其實(shí)很多基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)室做課題通常并不care預(yù)后，只是高通量測(cè)序數(shù)據(jù)公開(kāi)之后，大家才越來(lái)越關(guān)注預(yù)后這塊了。

腫瘤的發(fā)展是一個(gè)多基因多因素相互影響的過(guò)程。單純測(cè)序數(shù)據(jù)分析基因?qū)︻A(yù)后沒(méi)影響，但是有可能在某些藥物治療下就影響預(yù)后了；或者該基因和另外一個(gè)基因存在互作關(guān)系，在另外一個(gè)基因激活的情況話，這個(gè)基因就影響預(yù)后了。因此，當(dāng)發(fā)現(xiàn)興趣基因?qū)︻A(yù)后沒(méi)影響的時(shí)候，可以繼續(xù)嘗試做一些交互性分析。

在腫瘤分析當(dāng)中，單純分析一個(gè)基因的預(yù)后分析的話，很多網(wǎng)站都可以實(shí)現(xiàn)，如GEPIA。但是如果要進(jìn)行交互性分析的話，多數(shù)網(wǎng)站就不行了。交互性預(yù)后分析網(wǎng)站——siGCD，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)可以分析基因、細(xì)胞以及藥物之間相互性的預(yù)后分析。大家可以試試看~