老話重提，統(tǒng)計(jì)圖，和科研領(lǐng)域里的大多數(shù)圖像數(shù)據(jù)伴生，是一種大家喜聞樂見的，直觀表現(xiàn)數(shù)據(jù)結(jié)果的形式。
只要是個(gè)圖如果沒有伴隨統(tǒng)計(jì)，reviewers 總會(huì)叨叨「請(qǐng)給出統(tǒng)計(jì)結(jié)果」。加上統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)的文章看起來的確更具說服力呢！
之前我們推出的第一個(gè)教程《手把手教你用軟件便捷地?cái)?shù)細(xì)胞》，既教你認(rèn)識(shí)這個(gè)軟件 Imaris，又教你怎么數(shù)密密麻麻的細(xì)胞，區(qū)分不同的 marker 陽性的細(xì)胞以及計(jì)數(shù)它們。
那么問題來了，如果有人并不關(guān)心細(xì)胞數(shù)量，而關(guān)心細(xì)胞的面積，那該如何是好呢？
一般在研究細(xì)胞生長(zhǎng)時(shí)候非常實(shí)用，如評(píng)估同等量細(xì)胞的生長(zhǎng)速度，通過比較體外培養(yǎng)細(xì)胞的匯合率來得到初步結(jié)論；或研究不同類型細(xì)胞的表面積，給細(xì)胞分型。
舉個(gè)栗子（為了保護(hù)自己的數(shù)據(jù)隱私，我只是隨便拿個(gè)廢棄的不咋好看的圖來演示如何使用軟件）
1. 打開軟件 Imaris，打開圖片，在工具欄點(diǎn)擊「surface」按鈕（紅色箭頭所示），即可出現(xiàn)如藍(lán)框所示的 Surface 1。
2. 讓大家看一眼原始的圖片，并明確下此行目的：將當(dāng)前界面紅色陽性的區(qū)域的表面積計(jì)算出來（你也可以計(jì)算明場(chǎng)細(xì)胞的面積，細(xì)胞核的面積 等等）。
3. 點(diǎn)擊左下方「Next」朝右的箭頭（紅色箭頭所示），此處先不要點(diǎn)擊橘黃色箭頭所示的方框，自動(dòng)完成的 surface 可能不那么準(zhǔn)確，但是如果你只是大略看看面積，建議使用 automatic creation，一步到位。
4. 之后界面變成 2/4 Algorithm，此時(shí)可以調(diào)節(jié)的界面有 Smooth.
5. 接著點(diǎn)擊「Next」的藍(lán)色箭頭，系統(tǒng)開始創(chuàng)建 surface，界面轉(zhuǎn)換為下面的樣子。之前紅色信號(hào)陽性的區(qū)域被灰色的實(shí)心區(qū)域覆蓋。
通過調(diào)節(jié)紅色方框 highlight 的淺黃色矩形的面積可以讓 surface 被創(chuàng)建的更密集or 稀疏（調(diào)大黃色區(qū)域，更密集；反之更稀疏）。
6. 當(dāng)發(fā)現(xiàn)自動(dòng)調(diào)節(jié)的閾值覆蓋了更多的區(qū)域——如靠上面的面積非常小的紅色信號(hào)區(qū)域也被灰色的 surface 覆蓋了，但是這些顯然并不是細(xì)胞，那么我們就往右拖動(dòng)淺黃色區(qū)域，得到如下的圖。
7. 點(diǎn)擊「Next」，得到如下被加工好的圖。系統(tǒng)將灰色變成了白色，通過視覺變化決定是否對(duì)圖進(jìn)行調(diào)整，此時(shí)可以回到 4 個(gè)進(jìn)程的任何一步再進(jìn)行修繕，確定沒有修改之處后再進(jìn)行下一步來最終確認(rèn)所有的操作。
8. 點(diǎn)擊「完成」按鈕（紅色箭頭所示），此時(shí)開弓沒有回頭箭了，且我們也將要得到我們想要的分析結(jié)果。
9. 完成（此時(shí)建立的 surface 變成通道顏色-紅色。并且與之前的信號(hào)疊加起來?？梢渣c(diǎn)擊勾掉通道熒光，只留下 surface，觀察一下是否合意）。
10. 如下是僅有 surface 的界面（和原始圖片比較一下，更好看了呢）。
11. 在（紅色矩形標(biāo)記的）數(shù)據(jù)曲線處的 detailed 欄目里可以找到圖中所有（specific values）的 surface 的面積（Area）數(shù)據(jù)。
12. 將這些數(shù)據(jù)復(fù)制或者輸出（點(diǎn)擊下方的保存按鈕）到 excel 里。進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。針對(duì)體外培養(yǎng)的細(xì)胞，有時(shí)會(huì)有一些雜質(zhì)，此時(shí)可以在 excel 里將不是細(xì)胞大小的全部去掉即得到了所有 surface 的面積信息。
當(dāng)然關(guān)于 surface 的熒光強(qiáng)度、位置等信息也可以一并在 Imaris 軟件中的 Detailed 欄目的下拉框中選擇并保存獲取。
13. 如果是體外培養(yǎng)細(xì)胞分析匯合率，則從拍攝軟件中可以獲取整個(gè)圖片區(qū)域的面積（或者從 Imaris 里獲取，如下圖，獲得 X-Y 軸的最大量程計(jì)算表面積），并用總的細(xì)胞面積除以區(qū)域總面積獲得匯合率。
今天的分享結(jié)束啦，敬請(qǐng)期待后續(xù)的系列教程哦~
我們長(zhǎng)期為科研用戶提供前沿資訊、實(shí)驗(yàn)方法、選品推薦等服務(wù)，并且組建了 70 多個(gè)不同領(lǐng)域的專業(yè)交流群，覆蓋PCR、細(xì)胞實(shí)驗(yàn)、蛋白研究、神經(jīng)科學(xué)、腫瘤免疫、基因編輯、外泌體、類器官等領(lǐng)域，定期分享實(shí)驗(yàn)干貨、文獻(xiàn)解讀等活動(dòng)。
添加實(shí)驗(yàn)菌企微，回復(fù)【】中的序號(hào)，即可領(lǐng)取對(duì)應(yīng)的資料包哦～
【2401】論文寫作干貨資料（100 頁）
【2402】國內(nèi)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)方法匯總（60 頁）
【2403】2024 最新最全影響因子（20000+ 期刊目錄）
【2404】免疫學(xué)信號(hào)通路手冊(cè)
【2405】PCR 實(shí)驗(yàn) protocol 匯總
【2406】免疫熒光實(shí)驗(yàn) protocol 合集
【2407】細(xì)胞培養(yǎng)手冊(cè)
【2408】蛋白純化實(shí)驗(yàn)手冊(cè)
熱門跟貼