隨著科學(xué)研究發(fā)展,人們發(fā)現(xiàn)單純研究某一方向無(wú)法解釋全部生物醫(yī)學(xué)問(wèn)題,科學(xué)家提出從整體的角度出發(fā)去研究人類(lèi)組織的細(xì)胞結(jié)構(gòu)、基因、蛋白及其分子間的相互作用,通過(guò)整體分析反映人體組織器官功能和代謝狀態(tài),為探索人類(lèi)疾病的發(fā)病機(jī)制提供新的思路。生物信息學(xué)應(yīng)用計(jì)算方法分析生物數(shù)據(jù),如DNA,RNA,蛋白和代謝物。

生物信息學(xué)已經(jīng)成為展開(kāi)科研探索,開(kāi)發(fā)新型診斷,治療和生物產(chǎn)品的重要工具。在當(dāng)前形勢(shì)下,生信已經(jīng)逐步成為科研人的必備技能?,F(xiàn)在,不管是傳統(tǒng)的濕實(shí)驗(yàn)科學(xué)家,還是掌握生信的臨床科學(xué)家,在讀碩士生、博士生和博士后,包括本科生,以及醫(yī)生同道們,大家基本上形成了幾點(diǎn)共識(shí):①生信很有用,必須要學(xué);②生信迭代快,必須要學(xué)好;③生信與濕實(shí)驗(yàn)結(jié)合,才是最好的歸宿;④ 科研模式進(jìn)入智能科研時(shí)代。

王凌華是美國(guó)德克薩斯大學(xué)MD安德森癌癥中心基因組醫(yī)學(xué)系的終身副教授。她們團(tuán)隊(duì)重點(diǎn)關(guān)注三大領(lǐng)域:①從癌前病變到浸潤(rùn)性癌癥的轉(zhuǎn)變(腫瘤的發(fā)生):全面表征腫瘤發(fā)生和進(jìn)展的細(xì)胞和分子軌跡,旨在開(kāi)發(fā)分類(lèi)器和風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型,以便更好地對(duì)患者進(jìn)行分層,并開(kāi)發(fā)有效攔截策略的潛在靶點(diǎn)。②局部腫瘤轉(zhuǎn)移的進(jìn)化(腫瘤的轉(zhuǎn)移):探索腫瘤轉(zhuǎn)移的細(xì)胞和分子基礎(chǔ),試圖了解腫瘤細(xì)胞與TME的共同進(jìn)化,以及腫瘤細(xì)胞與各種免疫和基質(zhì)細(xì)胞在原發(fā)和轉(zhuǎn)移微環(huán)境中的適應(yīng)性相互作用。③抗癌治療的動(dòng)態(tài)反應(yīng)和治療耐藥性的發(fā)展(腫瘤的治療):查明癌細(xì)胞的內(nèi)在因素和決定腫瘤對(duì)抗癌治療反應(yīng)的微環(huán)境因素,識(shí)別有效的生物標(biāo)志物,并開(kāi)發(fā)模型來(lái)預(yù)測(cè)治療反應(yīng)情況,以開(kāi)發(fā)有效治療的新靶點(diǎn)。
王凌華于2003年畢業(yè)于山東第一醫(yī)科大學(xué),2006年獲中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院眼科學(xué)碩士學(xué)位,2011年獲東京大學(xué)工程研究生院癌癥基因組學(xué)博士學(xué)位。在博士研究期間,她參與了全球第一例肝癌基因組的分析,并承擔(dān)了東京大學(xué)胰腺癌基因組分析的主要工作。 畢業(yè)后,她接受癌癥基因組研究的領(lǐng)導(dǎo)者Dr. David Wheeler教授的邀請(qǐng),前往美國(guó)貝勒醫(yī)學(xué)院作為一名博士后研究員開(kāi)始了新的科研生活。 在此期間,她以第一作者的身份先后發(fā)表了多篇高影響力的學(xué)術(shù)論文。 2014年晉升為講師,2015晉升為助教授。 2017年3月加入MD安德森癌癥中心基因組醫(yī)學(xué)系,并于2017年夏天成立了自己的計(jì)算腫瘤生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室。

2023年5月,王凌華團(tuán)隊(duì)在Nature Medicine期刊發(fā)表題為 Pan-cancer T cell atlas links a cellular stress response state to immunotherapy resistance 的研究論文,非常經(jīng)典。進(jìn)入2024年,王凌華團(tuán)隊(duì)依然產(chǎn)出頗豐,在Nature、Cancer Discovery、Nat Biotechnol等期刊發(fā)表了一系列文章。

2024年3月,王凌華團(tuán)隊(duì)與合作者在Nature雜志發(fā)表題為An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma的研究論文。該研究通過(guò)流式分選獲得EPCAM-的細(xì)胞,并進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序,獲得了 16 例早期肺腺癌樣本和 47 例正常肺樣本的 246,102 個(gè)上皮細(xì)胞;發(fā)現(xiàn)上皮細(xì)胞具有不同的正常和癌細(xì)胞狀態(tài),癌細(xì)胞之間的多樣性與LUAD特異性致癌驅(qū)動(dòng)因子密切相關(guān),備受關(guān)注。

2025年3月,王凌華團(tuán)隊(duì)在Cancer Cell 雜志發(fā)表題為Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics的研究論文,運(yùn)用單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù),首次繪制出CAFs的“三維作戰(zhàn)地圖”。首次揭示腫瘤細(xì)胞通過(guò)EMT“策反”正常上皮細(xì)胞,逃逸抗腫瘤免疫的作用。機(jī)制上,這些CAFs每秒分泌 3000 根膠原纖維,打造硬度堪比乳房的致密基質(zhì);通過(guò)VEGF信號(hào),72小時(shí)催生新生血管網(wǎng)絡(luò);通過(guò)釋放TGF-β等細(xì)胞因子,劫持免疫細(xì)胞通訊系統(tǒng)。

Fig1.描述四大亞型(鑒定細(xì)胞類(lèi)群是單細(xì)胞空間組數(shù)據(jù)挖掘策略之一)

Fig2.空間組數(shù)據(jù)驗(yàn)證。

Fig3.細(xì)胞通訊。

Fig4.表型分析(與免疫浸潤(rùn)的相關(guān)性)

Fig5.空間蛋白組驗(yàn)證。
非常典型的干濕結(jié)合,單細(xì)胞、空間組和多組學(xué)做課題的思路。值得借鑒,值得學(xué)習(xí)!!
參考資料:https://www.cell.com/cancer-cell/fulltext/S1535-6108(25)00083-2
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