編輯丨王多魚(yú)
排版丨水成文
環(huán)狀RNA（circRNA）是一種具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的 RNA 分子，與線性 RNA 形成鮮明對(duì)比。近期研究揭示了這些環(huán)狀轉(zhuǎn)錄本在基因調(diào)控和疾病發(fā)病機(jī)制中的新興作用.然而，它們的低表達(dá)水平以及與線性 RNA 高度相似的序列，給 circRNA 的檢測(cè)和表征帶來(lái)了巨大挑戰(zhàn)。
長(zhǎng)讀長(zhǎng)和單細(xì)胞 RNA 測(cè)序技術(shù)的最新進(jìn)展，與基于深度學(xué)習(xí)的算法相結(jié)合，以前所未有的分辨率和規(guī)模徹底改變了對(duì) circRNA 的研究。
2025 年 4 月 17 日，中國(guó)科學(xué)院動(dòng)物研究所趙方慶團(tuán)隊(duì)在Nature Genetics期刊受邀撰寫了題為：Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies的綜述論文。
該綜述系統(tǒng)總結(jié)了環(huán)狀RNA（circRNA）序列重構(gòu)、定量解析及功能挖掘中的最新進(jìn)展和核心挑戰(zhàn)，著重闡述了人工智能（AI）技術(shù)在 circRNA 研究中的關(guān)鍵作用，并進(jìn)一步提出了 AI 驅(qū)動(dòng) circRNA 研究的理論框架和實(shí)踐路徑。
circRNA的鑒定、定量及差異表達(dá)分析
circRNA異構(gòu)體結(jié)構(gòu)的表征
circRNA的細(xì)胞異質(zhì)性分析
circRNA的功能表征
大規(guī)模circRNA數(shù)據(jù)分析中的挑戰(zhàn)與機(jī)遇
總的來(lái)說(shuō)，這篇綜述總結(jié)了 circRNA 的發(fā)現(xiàn)、表征和功能分析算法方面的最新突破，還探討了整合大規(guī)模 circRNA 測(cè)序數(shù)據(jù)所面臨的挑戰(zhàn)，并探索了人工智能（AI）驅(qū)動(dòng)算法在未來(lái)的發(fā)展?jié)摿?，以充分挖?circRNA 研究在生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用中的全部潛力。
論文鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-025-02157-7
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