piRNA ( PIWI-interacting RNA )是一類在動物的生殖腺中廣泛存在的非編碼小 RNA 。 piRNA 可以結(jié)合 PIWI 蛋白,通過堿基互補配對的方式,靶標(biāo)到特定的 RNA 上,來實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平的沉默,在轉(zhuǎn)座子沉默、生殖發(fā)育、基因表達(dá)調(diào)控和性別決定等過程中發(fā)揮重要作用 。 piRNA 基因通常成簇分布于異染色質(zhì)區(qū)域,但其在異染色質(zhì)環(huán)境中 維持 高效轉(zhuǎn)錄的機制仍不清楚。
中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)光壽紅團(tuán)隊前期研究已揭示 USTC 復(fù)合物 、 H3K27me3 閱讀蛋白 UAD-2 和 PICS 復(fù)合物 參與 piRNA 的轉(zhuǎn)錄 加工 過程 ( Genes & Dev, 2019; Cell Rep , 2019 ; PNAS, 2021 ; Nat Commun , 202 1, 2023 )。近日,該團(tuán)隊在Nature Structural & Molecular Biology發(fā)表題為piRNA gene density and SUMOylation organize piRNA transcriptional condensate formation的研究論文,首次揭示了piRNA基因密度與SUMO化協(xié)同調(diào)控piRNA轉(zhuǎn)錄凝聚體形成的分子機制(圖 1 ) 。

在哺乳動物、果蠅和線蟲等物種的基因組中,存在數(shù)萬個 piRNA 基因,這些基因通常以成百上千的規(guī)模成簇分布,形成高度密集的 piRNA 基因簇。 在秀麗隱桿線蟲中,約 92% 的 piRNA 基因聚集于 IV 號染色體的 兩 個 富含 異染色質(zhì) 修飾 的 piRNA 基因 簇 中 ( Cluster I 和 Cluster II )。 研究團(tuán)隊 通過 piRNA 的高通量測序發(fā)現(xiàn) piRNA 基因的表達(dá)水平與 piRNA 基因在基因組上的密度呈正相關(guān);隨后 研究團(tuán)隊通過染色體編輯技術(shù), 發(fā)現(xiàn) 人工 提高 piRNA 基因密度可顯著增強其表達(dá):將低密度 Cluster I 片段倒置至高密度 Cluster II 附近后, Cluster I 的 piRNA 表達(dá)量提升 2-3 倍;而將高密度 piRNA 基因 片段轉(zhuǎn)位至其他染色體則導(dǎo)致表達(dá)沉默。 同時 跨物種分析顯示,線蟲近緣種 C. briggsae 的 piRNA 基因同樣呈現(xiàn)“高密度 - 高表達(dá)”相關(guān)性 ; 2019 年 Kevin D. Corbett 課題組在 Nature Structural & Molecular Biology 上 的報道 發(fā)現(xiàn) 在小鼠精子細(xì)胞中,多個 piRNA 基因簇可以通過遠(yuǎn)程相互作用形成轉(zhuǎn)錄 hub 的 特定區(qū)室 ,可能對小鼠精子的 piRNA 的高效 轉(zhuǎn)錄發(fā)揮重要作用。這些研究結(jié)果 提示 piRNA 基因 的空間 聚集 可能 是 piRNA 高效轉(zhuǎn)錄的 一個 保守策略。
USTC 復(fù)合物和 H3K27me3 閱讀蛋白 UAD-2 可以 結(jié)合 在 piRNA 基因簇上,在減數(shù) 分裂 期的生殖細(xì)胞中形成約 1 微米大小的轉(zhuǎn)錄凝聚體 。 研究團(tuán)隊通過活體 熒光漂白恢復(fù)( FRAP ) 技術(shù)、 活體 1-6 己二醇處理 實驗 和體外生化相分離實驗 發(fā)現(xiàn) , UAD-2 可以通過 其 內(nèi)部無序 區(qū)和 Chromo 結(jié)構(gòu)域在 piRNA 基因簇上形成類似 液滴狀 凝聚體 ,而 USTC 組分則形成 近似固相 凝聚體。 研究團(tuán)隊 通過對線蟲進(jìn)行 EMS 化學(xué)誘變篩選 UAD-2 亞細(xì)胞定位發(fā)生改變的突變體, 鑒定出 SUMO E3 連接酶 GEI-17 和 SUMO 水解 酶 TOFU-3 分別作為抑制和促進(jìn) piRNA 轉(zhuǎn)錄 凝聚體形成的關(guān)鍵因子, 顯示 SUMOylation 通路 可能是 piRNA 轉(zhuǎn)錄的動態(tài)調(diào)控 和 環(huán)境適應(yīng)性調(diào)控的核心機制 之一 。

因此, 高密度聚集 的 piRNA 基因通過 UAD-2 相分離形成轉(zhuǎn)錄凝聚體,招募 USTC 復(fù)合物和 RNA 聚合酶Ⅱ啟動 異染色質(zhì)區(qū)域 piRNA 基因的 轉(zhuǎn)錄; SUMO 化通過調(diào)控凝聚體動態(tài)平衡,實現(xiàn) piRNA 表達(dá)的時空精確性 和環(huán)境適應(yīng)性 (圖 2 ) 。這一機制不僅解釋了異染色質(zhì)區(qū)域 piRNA 高效轉(zhuǎn)錄的悖論,也為理解相分離與表觀修飾的交叉調(diào)控提供了新視角。該研究揭示了piRNA基因密度與SUMO化修飾協(xié)同調(diào)控轉(zhuǎn)錄凝聚體的分子框架,為治療piRNA通路的生殖相關(guān)疾病提供了理論基礎(chǔ)。
中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)副研究員 / 安徽醫(yī)科大學(xué)教授朱成明、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué) 生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)部 博士研究生司曉悅為共同第一作者。 中國科學(xué)技術(shù)大學(xué) 生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)部 光壽紅教授、黃新亞博士、項晟祺教授和安徽醫(yī)科大學(xué)馮雪竹教授為共同通訊作者。 本研究還得到了中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)阮科教授、周穎教授、單革教授和中國科大生命科學(xué)實驗中心 劉振邦博士 的大力支持和幫助。
https://www.nature.com/articles/s41594-025-01533-5
制版人: 十一
參考文獻(xiàn)
1. Weng, C. et al. The USTC co-opts an ancient machinery to drive piRNA transcription in C. elegans.Genes Dev33, 90-102 (2019).
2. Huang, X. et al. A chromodomain protein mediates heterochromatin-directed piRNA expression.Proc NatlAcadSci U S A118(2021).
3. Hou, X. et al. Systematic characterization of chromodomain proteins reveals an H3K9me1/2 reader regulating aging in C. elegans.Nat Commun14, 1254 (2023).
4. Patel, L. et al. Dynamic reorganization of the genome shapes the recombination landscape in meiotic prophase.Nat Struct Mol Biol26, 164-174 (2019).
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