腫瘤微環(huán)境的主要成分是腫瘤細(xì)胞和免疫細(xì)胞。 腫瘤細(xì)胞（Tumor Cells）是腫瘤微環(huán)境中的核心部分，具有高度的異質(zhì)性。 免疫細(xì)胞（Immune Cells）： 免疫細(xì)胞種類多樣，包括 T 細(xì)胞、B 細(xì)胞、NK細(xì)胞和髓系胞細(xì)胞等，錯綜復(fù)雜 。單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析中，區(qū)分免疫細(xì)胞和非免疫細(xì)胞是腫瘤免疫研究的關(guān)鍵。
2019年5月，免疫頂刊Immunity發(fā)表題為Single-Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species的研究論文。文中提出了非免疫細(xì)胞的Marker基因：
Cells were defined as non-immune if belonging to a cluster low for PTPRC (gene for CD45) and high for any of the following genes: MUC5A (goblet cell marker), KRT5 (basal epithelial cell marker), SFTPD (secretory cell marker), EPCAM (pan-epithelial cell marker), CDH5 (endothelial cell marker), COL1A2 and ACTA2 (fibroblast markers).
人類（Human）免疫細(xì)胞Marker基因
1. 腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞TAMs：LYVE1、SPP1、APOE、TREM2、FABP5、 C1QA/B/C、CD9。功能亞群：
促血管生成TAMs：高表達 SPP1、APOE、TREM2。
抗炎/穩(wěn)態(tài)TAMs：表達 MRC1（CD206）、CD163、MAFB。
2. 樹突狀細(xì)胞（DCs）：
cDC1（經(jīng)典1型樹突狀細(xì)胞）：CLEC9A、XCR1、BATF3、CADM1
cDC2（經(jīng)典2型樹突狀細(xì)胞）：CD1C、FCER1A、CLEC10A（CD301）
漿細(xì)胞樣DC（pDC）：LILRA4、CLEC4C（CD303）、IRF7
3. 單核細(xì)胞（Monocytes）
經(jīng)典單核細(xì)胞：CD14、VCAN（Versican）
非經(jīng)典單核細(xì)胞：CD16（FCGR3A）、CDKN1C、LILRB2
中性粒細(xì)胞相關(guān)單核細(xì)胞：S100A8、S100A9、CSF3R
4. 中性粒細(xì)胞（Neutrophils）
保守亞群：S100A8/A9（鈣結(jié)合蛋白）、MMP8/9、CSF3R
腫瘤相關(guān)亞群：CCL3、CSF1、CSTB、CTSB（半胱氨酸蛋白酶抑制劑）
I型干擾素應(yīng)答亞群：IFIT1、IRF7、RSAD2
5. 肥大細(xì)胞（Mast Cells）：TPSAB1、CPA3、KIT（CD117）
6. 其他免疫細(xì)胞
T細(xì)胞：CD3D（泛 T 細(xì)胞）、CD8A（細(xì)胞毒性 T 細(xì)胞）、FOXP3（調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞）
B細(xì)胞：CD79A、MS4A1（CD20）
NK細(xì)胞：NKG7、GNLY（顆粒溶素）
小鼠（Mouse）免疫細(xì)胞Marker基因
1. 腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞（TAMs）
保守Marker：Lyve1、Spp1、Apoe、Trem2、C1qa/b/c、Fabp5、Cd9
腫瘤富集亞群：Siglecf（唾液酸結(jié)合Ig樣凝集素F）
2. 樹突狀細(xì)胞（DCs）
cDC1：Xcr1、Clec9a、Batt3
cDC2：Itgax（CD11c）、Cd11b、Clec10a
漿細(xì)胞樣DC（pDC）：Siglech（CD303同源物）、Irf7
3. 單核細(xì)胞（Monocytes）
經(jīng)典單核細(xì)胞：Ly6C（Ly6c1/2）、Ccr2
非經(jīng)典單核細(xì)胞：Cx3cr1、Fcgr4（CD16）
中性粒細(xì)胞相關(guān)單核細(xì)胞：S100a8/a9、Csf3r
4. 中性粒細(xì)胞（Neutrophils）
保守亞群：S100a8/a9、Mmp8/9、Csf3r
腫瘤相關(guān)亞群：Ccl3、Csf1、Ctsb
I型干擾素應(yīng)答亞群：Ift1、Irf7、Rsad2
5. 肥大細(xì)胞（Mast Cells）
Tpsab1、Cpa3、Kit
跨物種保守性的Marker基因
巨噬細(xì)胞：LYVE1/Lyve1、SPP1/Spp1、APOE/Apoe和C1QA/B/C/C1qa/b/c
cDC1：人類 CLEC9A 對應(yīng)小鼠 Clec9a，XCR1/Xcr1 在cDC1中保守。
中性粒細(xì)胞：腫瘤相關(guān)亞群的趨化因子（CCL3/Ccl3）和補體相關(guān)基因（C1QA/C1qa）
Nucleic Acids Res. 2018 Apr 6;46(6):e36.
熱門跟貼